深圳华大海洋领衔构建鱼类“生命之树”

深圳华大海洋领衔构建鱼类“生命之树”

金羊网讯  记者李天军报道：14日，由深圳华大海洋和国家基因库联合发起的 “千种鱼类转录组”（Fish-T1K）项目正式宣布构建了迄今为止最可靠的鱼类系统演化树，该成果发表于最新一期的《美国科学院院刊》（PNAS）。这棵鱼类“生命之树”解答了一直以来鱼类起源和进化研究中存在的争论和难题，是鱼类演化研究史上的里程碑式事件。这是记者15日从华大基因获悉的。

鱼类肉质鲜美，营养丰富，价格亲民，是人类重要的动物蛋白质来源。作为进化地位古老且物种多样性丰富的脊椎动物类群，鱼类的物种数量占所有脊椎动物的一半以上。据FishBase数据库统计，目前已发现的鱼类至少33,900种。构建鱼类“生命之树”，解析鱼类进化历史，可以找到鱼类进化过程中的演变规律，揭示鱼类丰富的物种多样性背后的起因，为鱼类种质资源保护和合理开发利用奠定坚实的基础。

此次Fish-T1K团队从整个鱼类的不同分类单元中精心挑选了303种鱼类物种，囊括了所有硬骨鱼72个目中的66个，占总分类单元的91.66%。大数据整合了144种鱼类的基因组数据和159种鱼类的转录组数据，采用新的生物信息学分析方法，筛选出1105个直系同源的外显子序列作为分子标记，构建了迄今为止最可靠的鱼类系统演化树。

该“生命之树”解决了许多一直以来饱受争议的鱼类分类单元进化问题，涉及硬骨鱼的原始起源类群、骨鳔总目和银汉鱼总目的演化，以及真骨鱼、棘鳍总目、鲈形总目的姐妹群归属等问题。同时，先进的统计学分析方法证明，本次构建的进化树结构十分稳定，是目前覆盖度最广、最可靠的鱼类“生命之树”。此外，Fish-T1K团队利用这些组学数据并结合多个鱼类化石出现的时间，有效地估算了鱼类不同类群的起源时间。结果显示，现存的绝大部分鱼类类群早在白垩纪末期之前就已经形成，其中最早出现的类群起源于3亿7千9百万年前。

本研究在很多方面都有重大突破。首先，它新产生了131个物种的转录组数据，极大地扩充了目前的鱼类组学数据资源库。其次，装配出迄今最大的鱼类组学数据集，用统计检验解决了许多鱼类起源和演化过程中悬而未决的问题。最后，本研究中所鉴定和开发的1105个分子标记片段也可以为将来构建全鱼类进化树提供参考。