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新型冠状病毒中有4个艾滋病毒片段?是科学还是专业性“谣言”?

来源:法治江苏 作者: 发表时间:2020-02-02 19:28
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2020年1月31日,印度科学家在bioRxiv(生命科学预印本平台)上发表了一篇译名为“2019新冠状病毒棘突蛋白中含有独特的插入序列,并与(艾滋病毒的)HIV-1 gp120和Gag蛋白有奇特的相似性”的文章。

预印本

即研究者先把未经评审的学术论文通过网络直接发布在一个开放平台上,供广大用户免费访问和使用;同时这些预印本论文又可以提交给学术期刊,通过同行评审后作为正式文章发表。最初的预印本文章主要集中 在物理学和数学等理论科学领域,但如今实验科学领域也有了自己的预印本平台,其中最著名的是美国冷泉港实验室在2013年建立的生命科学预印本平台。

论文中,作者比对了新冠病毒和SARS的棘突蛋白(spike protein)序列。棘突蛋白是冠状病毒与宿主受体ACE2结合的关键蛋白。作者发现与SARS冠状病毒相比,新冠病毒的棘突蛋白有4小段新的插入序列,后作者将这4个短片段插入的序列在数据库中做了比对搜索,得到结论:这4段插入序列都能够在艾滋病毒的蛋白序列中找到!

2月2日,微信公众号“知识分子”(主编:饶毅,现任首都医科大学校长)发文辟谣:认为该论文是一项极不严谨且选择性使用数据的研究。其论文也是没有实验数据、没有同行审阅、没有正式发表的 “三无” 论文。


那么让我们一起看下这篇“论文”到底讲了些什么?所谓的这“4段插入序列”是否能证明新型冠状病毒与艾滋病毒有关系?

据了解,作者通过核酸和蛋白质序列的检索比较了从NCBI病毒基因组数据库中检索到的55个冠状病毒序列。发现在武汉新型冠状病毒的尖峰蛋白中有4段独特的插入序列,这4段序列不存在于其它已知的人类冠状病毒(包括SARS, MERS等)的中。

再将这4个序列与所有的已知基因库数据进行了对比分析,发现这四个插入序列全部都与艾滋病毒(HIV-1)蛋白中肽段相匹配。前3个插入序列(插入序列1、2和3)分别对应艾滋病病毒gp120蛋白质中的肽段。插入序列4则与艾滋病病毒Gag蛋白中的肽段对应。


作者做了一个简单的3D分子模拟,发现这4段插入序列都在蛋白结合部位。而且在图片注释中直接将这些序列称为 “来自HIV包膜蛋白的插入片段”。


不仅如此,作者还在论文的结论部分写道:“新冠病毒棘突蛋白与HIV-1 gp120和Gag蛋白不寻常的相似性不太可能是偶然现象。更在摘要中强调:这不太可能在自然界偶然发生。

可以看出,这样的措辞和推论已经带有一定的引导性,联想起此前北京大学第一医院呼吸科主任王广发患病期间曾经服用抗艾滋病药物洛匹那韦和利托那韦片,以此证明早已有人知道新冠病毒与艾滋病毒有关,不得不让人联想到一些“阴谋论”。

《知识分子》采访俄亥俄州立大学病毒与新发病原学中心主任、美国华人病毒学家协会主席刘善虑教授:

刘善虑指出,首先这是篇未经过同行评审、直接由作者发送到BioRxiv 上的论文,有明显蹭眼球的嫌疑;其次,从科学和病毒进化的角度讲,冠状病毒和属于逆转录病毒的艾滋病毒差别很大,发生基因间重组的可能性不大,因为同源性太差。再者,根据经验,我们会时常看到所要比较的序列中有几十个核苷酸或几个氨基酸与某些毫不相关的东西完全或非常相似,但不具有任何生物学意义。最后,刘善虑强调,“它与艾滋病毒没有任何关系,也不可能是人为插入到武汉冠状病毒中去的。”

据悉,2月2日凌晨,作者之一的Prashant Pradhan 在 BioRxiv 回应称,为避免进一步造成误解和混乱,将撤回稿件,并在重新分析后针对收到的意见和问题提交修订过的版本。

来源:知识分子、能说科学、AI开启临床智慧科研

图片来源于网络

注:小编非专业人士,如有表述不当请指正


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新型冠状病毒中有4个艾滋病毒片段?是科学还是专业性“谣言”?
法治江苏  作者:  2020-02-02
2020年1月31日,印度科学家在bioRxiv(生命科学预印本平台)上发表了一篇译名为“2019新冠状病毒棘突蛋白中含...

2020年1月31日,印度科学家在bioRxiv(生命科学预印本平台)上发表了一篇译名为“2019新冠状病毒棘突蛋白中含有独特的插入序列,并与(艾滋病毒的)HIV-1 gp120和Gag蛋白有奇特的相似性”的文章。

预印本

即研究者先把未经评审的学术论文通过网络直接发布在一个开放平台上,供广大用户免费访问和使用;同时这些预印本论文又可以提交给学术期刊,通过同行评审后作为正式文章发表。最初的预印本文章主要集中 在物理学和数学等理论科学领域,但如今实验科学领域也有了自己的预印本平台,其中最著名的是美国冷泉港实验室在2013年建立的生命科学预印本平台。

论文中,作者比对了新冠病毒和SARS的棘突蛋白(spike protein)序列。棘突蛋白是冠状病毒与宿主受体ACE2结合的关键蛋白。作者发现与SARS冠状病毒相比,新冠病毒的棘突蛋白有4小段新的插入序列,后作者将这4个短片段插入的序列在数据库中做了比对搜索,得到结论:这4段插入序列都能够在艾滋病毒的蛋白序列中找到!

2月2日,微信公众号“知识分子”(主编:饶毅,现任首都医科大学校长)发文辟谣:认为该论文是一项极不严谨且选择性使用数据的研究。其论文也是没有实验数据、没有同行审阅、没有正式发表的 “三无” 论文。


那么让我们一起看下这篇“论文”到底讲了些什么?所谓的这“4段插入序列”是否能证明新型冠状病毒与艾滋病毒有关系?

据了解,作者通过核酸和蛋白质序列的检索比较了从NCBI病毒基因组数据库中检索到的55个冠状病毒序列。发现在武汉新型冠状病毒的尖峰蛋白中有4段独特的插入序列,这4段序列不存在于其它已知的人类冠状病毒(包括SARS, MERS等)的中。

再将这4个序列与所有的已知基因库数据进行了对比分析,发现这四个插入序列全部都与艾滋病毒(HIV-1)蛋白中肽段相匹配。前3个插入序列(插入序列1、2和3)分别对应艾滋病病毒gp120蛋白质中的肽段。插入序列4则与艾滋病病毒Gag蛋白中的肽段对应。


作者做了一个简单的3D分子模拟,发现这4段插入序列都在蛋白结合部位。而且在图片注释中直接将这些序列称为 “来自HIV包膜蛋白的插入片段”。


不仅如此,作者还在论文的结论部分写道:“新冠病毒棘突蛋白与HIV-1 gp120和Gag蛋白不寻常的相似性不太可能是偶然现象。更在摘要中强调:这不太可能在自然界偶然发生。

可以看出,这样的措辞和推论已经带有一定的引导性,联想起此前北京大学第一医院呼吸科主任王广发患病期间曾经服用抗艾滋病药物洛匹那韦和利托那韦片,以此证明早已有人知道新冠病毒与艾滋病毒有关,不得不让人联想到一些“阴谋论”。

《知识分子》采访俄亥俄州立大学病毒与新发病原学中心主任、美国华人病毒学家协会主席刘善虑教授:

刘善虑指出,首先这是篇未经过同行评审、直接由作者发送到BioRxiv 上的论文,有明显蹭眼球的嫌疑;其次,从科学和病毒进化的角度讲,冠状病毒和属于逆转录病毒的艾滋病毒差别很大,发生基因间重组的可能性不大,因为同源性太差。再者,根据经验,我们会时常看到所要比较的序列中有几十个核苷酸或几个氨基酸与某些毫不相关的东西完全或非常相似,但不具有任何生物学意义。最后,刘善虑强调,“它与艾滋病毒没有任何关系,也不可能是人为插入到武汉冠状病毒中去的。”

据悉,2月2日凌晨,作者之一的Prashant Pradhan 在 BioRxiv 回应称,为避免进一步造成误解和混乱,将撤回稿件,并在重新分析后针对收到的意见和问题提交修订过的版本。

来源:知识分子、能说科学、AI开启临床智慧科研

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